Początkowo kościół nie był tak okazałą budowlą. Jego powstanie jest datowane na XIII wiek, kiedy przybyli tu Templariusze (1232). Już wtedy bowiem Kostrzyn był siedzibą dekanatu w biskupstwie lubuskim, a poza tym bracia zakonni musieli gdzieś się modlić. Pierwsza pisemna wzmianka o świątyni pochodzi z 1396 roku i świadczy o tym, że wówczas służyła ona wyznaniu katolickiemu. Wieża powstała prawdopodobnie juz za czasów Jana Kostrzyńskiego, który przebudował kościół w okazałą świątynię nowej wiary: luteranizmu. Jednocześnie jeszcze za życia władca ten przygotował pod budowlą dla siebie i swojej żony Katarzyny Brunszwickiej grobowiec. Ciekawostką jest natomiast to, że pierwotnie kościół łączył się z zamkiem krużgankiem, który zniknął dopiero po bombardowaniu Kostrzyna w roku 1758. Podczas okupacji napoleońskiej w latach 1806-1814 budowla stała się magazynem zboża. Choć sam kościół odremontowano już rok po wyzwoleniu miasta, krypta książęca była przez wieki zapomniana. Odrestaurowana dopiero w roku 1882 była jednak miejscem trudno dostępnym dla turystów. W 1945 roku budowla spłonęła, a kilka lat potem wysadzono w powietrze ruiny. W latach '90 prowadzone były tu prace archeologiczne, które mają być kontynuowane...